Можно ли подать досье в Префектуру при действующем приказе покинуть страну?

Да!
Но необходимо знать две вещи:
1️⃣при действующем приказе покинуть страну нельзя приходить в Префектуру лично, т. к. вас могут отправить в депорт. лагерь;
2️⃣необходимо иметь железное основание на ВНЖ — если его нет, то Префектура может сделать новый приказ покинуть страну и заключить вас — в лучшем случае — под домашний арест, в худшем — в депорт. лагерь.